До складу Національної академії аграрних наук України входить шість відділень:
Відділення землеробства, меліорації та механізації
-
Біосферний заповідник “Асканія-Нова” імені Ф.Е. Фальц-Фейна НААН
-
Інженерно-технологічний інститут “Біотехніка” НААН
-
Інститут агроекології і природокористування НААН
-
Інститут водних проблем і меліорації НААН
-
Інститут зрошуваного землеробства НААН
-
Інститут сільського господарства Карпатського регіону НААН
-
Інститут сільського господарства Полісся НААН
-
Інститут сільськогосподарської мікробіології та агропромислового виробництва НААН
-
Національний науковий центр “Інститут грунтознавства та агрохімії імені О.Н. Соколовського”
-
Національний науковий центр “Інститут землеробства Національної академії аграрних наук України”
-
Національний науковий центр “Інститут механізації та електрифікації сільського господарства”
Відділення рослинництва 
-
Інститут біоенергетичних культур і цукрових буряків НААН
-
Інститут захисту рослин НААН
-
Інститут картоплярства НААН
-
Інститут кормів та сільського господарства Поділля НААН
-
Інститут овочівництва і баштанництва НААН
-
Інститут олійних культур НААН
-
Інститут помології імені Л.П. Симиренка НААН
-
Інститут рису НААН
-
Інститут рослинництва ім. В.Я. Юр'єва НААН
-
Інститут садівництва НААН
-
Інститут сільського господарства степової зони НААН
-
Миронівський інститут пшениці імені В.М. Ремесла НААН
-
Національний науковий центр “Інститут виноградарства і виноробства імені В.Є. Таїрова”
-
Нікітський ботанічний сад – Національний науковий центр
-
Селекційно-генетичний інститут – Національний центр насіннєзнавства та сортовивчення
Відділення зоотехнії 
-
Державна дослідна станція птахівництва НААН
-
Інститут біології тварин НААН
-
Інститут рибного господарства НААН
-
Інститут розведення і генетики тварин імені М.В.Зубця Національної академії аграрних наук України
-
Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН
-
Інститут тваринництва НААН
-
Інститут тваринництва степових районів імені М.Ф.Іванова «Асканія-Нова» - ННСГЦ з вівчарства
-
ННЦ «Інститут бджільництва імені П.І.Прокоповича»
-
Черкаська дослідна станція біоресурсів НААН
Відділення ветеринарної медицини 
Відділення аграрної економіки і продовольства 
Відділення наукового забезпечення інноваційного розвитку 
-
Буковинська державна сільськогосподарська дослідна станція НААН
-
Державне підприємство "Науково-технічний центр сертифікаці "АгроСЕПРО" НААН
-
Донецька державна сільськогосподарська дослідна станція НААН
-
Закарпатська державна сільськогосподарська дослідна станція НААН
-
ЗАТ "Інститут інноваційного провайдингу"
-
Інститут сільського господарства Західного Полісся НААН
-
Інститут сільського господарства Північного Сходу НААН
-
Інститут сільського господарства Причорномор’я НААН
-
Кіровоградська державна сільськогосподарська дослідна станція НААН
-
Національна наукова сільськогосподарська бібліотека НААН